Une biodiversité aquatique en péril

La Suisse est souvent perçue comme un modèle en matière de préservation environnementale. Pourtant, malgré des eaux qui semblent à première vue cristallines, la biodiversité aquatique helvétique est en déclin. En cause : une pollution de l’eau insidieuse, diffuse et multiforme, qui menace poissons, amphibiens, micro-organismes et plantes aquatiques.

Ce problème n’est pas uniquement une affaire d’écologie ; il touche également l’économie, la santé publique et le patrimoine naturel du pays. Dans cet article, nous verrons comment la pollution de l’eau compromet la diversité biologique des milieux aquatiques en Suisse, en nous appuyant sur des données concrètes et des exemples locaux.

Des cours d’eau sous pression

Les rivières et les lacs suisses sont nombreux – on en compte environ 1 500 lacs et 65 000 km de cours d’eau. Ils abritent une biodiversité unique, comprenant notamment la truite fario, le chabot, l’écrevisse à pattes blanches ou encore le triton alpestre. Ces espèces ne sont toutefois pas à l’abri de la pollution. Selon l’Office fédéral de l’environnement (OFEV), près de 90 % des cours d’eau ont été modifiés par l’activité humaine et beaucoup présentent des signes de contamination chimique.

Mais qu’entend-on par pollution ? On distingue principalement :

• La pollution agricole (pesticides, engrais, lisier)
• La pollution urbaine (résidus de médicaments, microplastiques, eaux usées insuffisamment traitées)
• La pollution industrielle (rejets de métaux lourds, solvants, produits chimiques)

Chacune de ces formes de pollution agit différemment, mais leur effet cumulé est délétère sur les écosystèmes aquatiques.

Pesticides et engrais : les ennemis invisibles

Les pratiques agricoles intensives sont un facteur majeur de la détérioration de la qualité de l’eau. Les pesticides, tels que l’atrazine ou le glyphosate, s’infiltrent dans les nappes phréatiques ou sont entraînés par ruissellement vers les rivières et les lacs. En Suisse, une étude de l’État de Fribourg sur les micro-polluants révèle que plusieurs cours d’eau dépassent régulièrement les seuils écotoxiques fixés par la Confédération.

Les engrais azotés et phosphorés, eux, provoquent l’eutrophisation : un excès de nutriments qui stimule la prolifération d’algues nuisibles. Ce phénomène peut entraîner une réduction de l’oxygène dans l’eau, affectant des espèces sensibles comme les salmonidés. Des épisodes de « zones mortes » ont notamment été rapportés le long du Rhin et du lac de Bienne.

Polluants urbains et traces pharmaceutiques

Les villes suisses, bien que dotées de stations d’épuration performantes, ne parviennent pas à filtrer l’intégralité des polluants présents dans les eaux usées. Parmi les substances problématiques figurent les résidus de médicaments (analgésiques, antidépresseurs, contraceptifs), ainsi que les produits d’hygiène et les perturbateurs endocriniens.

Des recherches menées par l’Institut Eawag ont démontré que certaines molécules persistantes peuvent modifier le comportement des poissons, perturber leur reproduction ou affaiblir leur système immunitaire. Paradoxalement, ces substances sont souvent présentes en quantités infimes, mais leur effet est notable sur le long terme.

À cela s’ajoutent les microplastiques, ces fragments minuscules issus du lessivage des textiles synthétiques, de l’abrasion des pneus ou des cosmétiques. Une étude menée sur le lac Léman a révélé que le fond du lac contient plusieurs millions de microfibres plastiques par kilomètre carré. Les invertébrés peuvent les ingérer, y accumuler des contaminants chimiques, et les transmettre à la chaîne alimentaire.

Conséquences écologiques directes

Les espèces aquatiques helvétiques sont confrontées à une double peine : la réduction de leurs habitats naturels, et l’altération chimique de leur environnement. Le rapport de 2022 sur la biodiversité publié par l’OFEV indique que plus de 60 % des espèces d’eau douce sont menacées ou en déclin.

Chez les amphibiens, par exemple, le déclin du crapaud accoucheur ou de la salamandre noire est en partie lié à la dégradation des zones humides contaminées. Le triton palmé, pourtant courant autrefois, est devenu rare dans plusieurs cantons suisses.

Les invertébrés aquatiques tels que les éphémères et les trichoptères – de bons indicateurs biologiques – sont également en net recul. Ce déclin n’est pas qu’un problème pour les naturalistes : il a des répercussions en cascade sur les oiseaux, les poissons et l’équilibre général des écosystèmes.

Des enjeux économiques et sanitaires

La détérioration de la qualité des eaux ne concerne pas que les espèces sauvages. Elle touche aussi l’agriculture (par la dépendance à des eaux d’irrigation de qualité), la pêche professionnelle, le tourisme lié aux lacs et rivières, ainsi que la disponibilité de l’eau potable.

En Suisse, environ 80 % de l’eau potable provient des eaux souterraines. Selon l’OFEV, un tiers des captages d’eau potable présentent des résidus de pesticides ou de nitrates dépassant parfois les valeurs maximales admises. Le coût de la dépollution – ou de la fermeture de certains captages – est supporté par les collectivités ou les consommateurs.

Enfin, la fragilité des écosystèmes rend le système moins résilient face aux bouleversements climatiques. Des événements extrêmes comme les crues ou les sécheresses aggravent la dilution des polluants, produisant parfois des effets synergiques encore mal connus.

Mesures et pistes d’action

Face à ces constats, que fait-on ? La Suisse a engagé plusieurs initiatives, mais les défis restent importants. Parmi les réponses notables :

• Le Plan d’action national sur les produits phytosanitaires, qui vise à réduire de moitié l’utilisation des pesticides d’ici 2027
• Le renforcement des réglementations sur les rejets de micropolluants dans les stations d’épuration
• L’assainissement et la renaturation de cours d’eau dans plusieurs cantons, dont celui de Vaud ou d’Argovie

Cependant, ces démarches demandent du temps, des investissements significatifs et, surtout, une coordination entre les niveaux fédéral, cantonal et communal. Un autre levier reste la prise de conscience individuelle : choisir des produits écologiques, limiter les rejets médicamenteux dans les toilettes, ou soutenir une agriculture durable n’est jamais anodin.

Un équilibre à reconstruire

Il serait illusoire de croire que la biodiversité aquatique reviendra d’elle-même si les pressions actuelles persistent. Restaurer la qualité des eaux demande une action ciblée, durable et systémique.

La Suisse possède les moyens techniques, scientifiques et réglementaires pour inverser la tendance. Mais cela implique aussi de reconnaître que nos habitudes – en matière d’agriculture, de consommation et d’aménagement du territoire – sont intimement liées à la santé des milieux aquatiques.

Et quand nos rivières cessent de bruisser de vie, c’est tout un pan fragile du monde naturel qui s’érode, souvent dans l’indifférence générale. La vigilance n’est donc pas un luxe écologique, mais une nécessité pour préserver cet héritage commun.